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Molekularsystematische Untersuchungen an Vertretern der pflanzenparasitischen Gattung Exobasidium (Basidiomycota)
(2003)
- Artabgrenzungen und Phylogenie in der pflanzenparasitischen Pilzgattung Exobasidium wurden mit molekularen Markern untersucht. Das allgemein akzeptierte Artkonzept für die europäischen Arten dieser Pflanzenparasiten basiert auf Wirtsspezifität und den hervorgerufenen Befallsbildern. Erste molekulare Studien (GC-Gehalt, DNA-DNA-Homologie) bestätigten dies jedoch nicht in allen Fällen. Daher wurden in dieser Arbeit Artabgrenzungen im Kontext phylogenetischer Zusammenhänge mit Hilfe von RFLPs und Sequenzdaten untersucht. Der Schwerpunkt liegt auf Pilzstämmen von europäischen Wirtsarten der Gattungen Vaccinium und Rhododendron, wozu hefeartig wachsende Kulturen der saprotrophen Lebensphase dieser Pilze bearbeitet wurden. Zur molekularen Charakterisierung wurden mit 6 Restriktionsenzymen RFLPs eines PCR-Amplifikates ermittelt. Der amplifizierte Genabschnitt kodiert ca. 2.2 kb des 5’-Bereichs der 26S rRNA. Darüber hinaus wurden Sequenzvergleiche der Domäne I der 26S rDNA, der 18S rDNA und der ITS-Region durchgeführt. Übereinstimmung in den PCR-RFLP-Mustern des 5’-Bereichs der 26S rDNA zeigt Konspezifität an, da solche Stämme einen ähnlichen GC-Gehalt und hohe DNA-DNA-Homologien aufweisen. Insgesamt wurden über alle 6 Enzyme bei 51 untersuchten Stämmen 20 RFLP-Gruppen gefunden. Jedoch finden sich Stämme von einer Wirtspflanze oder solche mit hoher DNA-DNA-Homologie auch in verschiedenen RFLP-Gruppen. Zusätzlich zeigen sich in Dendrogrammen auffallende Unterschiede in den Distanzen zwischen einzelnen RFLP-Mustern. Eine nachfolgende Analyse der Sequenzen der Domäne I der 26S rDNA bestätigte, daß Stämme einer RFLP-Gruppe Angehörige einer Art sind, daß aber Stämme einer Art durchaus unterschiedlichen RFLP-Gruppen angehören können. Unter Berücksichtigung der DNA-DNA-Homologie-Daten kann beim Auftreten von weniger als 3 bp Unterschied in der Domäne I der 26S rDNA Konspezifität festgestellt werden. Unterschiede in den RFLP-Mustern können somit Konspezifität nicht widerlegen. Für z.T. unerwartete Ergebnisse der RFLP-Analysen ließen sich in Sequenzanalysen 2 Gründe feststellen. Die amplifizierte Region der 26S rDNA kann Group-I-Introns enthalten (an Position 929/930 bzw. 1.127/1.128 der 26S rDNA bezogen auf Saccharomyces cerevisiae). Die Verteilung der Group-I-Introns zwischen Stämmen, welche aufgrund der übereinstimmenden Sequenzen der Domäne I der 26S rDNA und ihrer DNA-DNA-Homologie als konspezifisch anzusehen sind, zeigt, daß sie bei Exobasidium spp. nicht artspezifisch auftreten. Außerdem gruppieren einige Stämme (3 Arten) in phylogenetischen Analysen in anderen Verwandtschaftskreisen der Ustilaginomyceten, wodurch sie als kontaminierende Pilze identifiziert werden. Diese Stämme waren früher mit biochemisch-physiologischen Merkmalen nicht gegen Exobasidium spp. abzugrenzen. Stämme einer Art stammen dabei von verschiedenen Wirtspflanzen und widersprachen so früher einem auf hoher Wirtsspezifität basierenden Artkonzept. Datenbankvergleiche der Domäne I der 26S rDNA und deren phylogenetische Analyse im Kontext der Ustilaginomyceten ergaben Affinitäten zu den Entylomatales (Tilletiopsis washingtonensis, Entyloma spp.) bzw. Ustilaginales (Ustilago maydis). Analysen der 18S rDNA und ITS-Region ausgewählter Stämme bestätigten dies. Für phylogenetische Analysen der Gattung Exobasidium wurden Sequenzen der Domäne I der 26S rDNA ausgewählter Stämme untereinander und mit GENBANK-Einträgen verglichen. Hierbei korrespondieren Exobasidium-Arten gut mit den Wirtspflanzen. Sie zeigen eine hohe Wirtsspezifität. Konspezifische Stämme lösen auch dasselbe Befallsbild aus, wobei E. vaccinii eine Ausnahme zu bilden scheint, da Stämme, die auf Vaccinium vitis-idaea eine lokale Gallbildung hervorrufen, sich nicht von Stämmen unterscheiden, welche eine systemische Infektion verursachen. Auch zeigt sich, daß von europäischen Rhododendren isolierte Stämme, die traditionell E. rhododendri zugeordnet werden, distinkte, nicht konspezifische Gruppen bilden. In phylogenetischen Analysen im Kontext der Ustilaginomyceten bilden die Exobasidiales eine gut gestützte Gruppe. Innerhalb der Ordnung werden mit verschiedenen Verfahren zur Stammbaumrekonstruktion unterschiedliche phylogenetische Hypothesen wiedergegeben. Die Exobasidiaceae bilden nur in Distanzanalysen eine monophyletische Gruppe. Zudem gruppieren die Gattungen Arcticomyces und Muribasidiospora immer innerhalb der Exobasidium-Arten und die Eigenständigkeit dieser Gattungen erscheint fraglich. Insgesamt legen die phylogenetischen Analysen eine Kospeziation oder Koevolution zwischen exobasidialen Pilzen und ihren Wirten nahe. Jedoch zeigen sich komplexe Speziationsprozesse in der Evolution dieser pflanzenparasitischen Pilze. Bei Exobasidien von Wirten der Vaccinioideae ergeben sich Muster, die nur mit Wirtswechseln erklärbar sind, und innerhalb des Exobasidium rhododendri-Komplexes muß von der Speziation auf einer Wirtsart ohne Veränderung des Befallsbildes ausgegangen werden.
